11.0 から 12.0 へアップグレード後に複数のJCLをバッチのCA JCLCheckを使って一括して検査したところ、11.0 と 12.0 で違いがありました。

11.0:
複数のJCLがあった場合に、その中の一番最後のJCLのリターンコードがバッチのCA JCLCheckのコンディションコードとなっています。
例)以下のケースの場合は、CA JCLCheckのコンディションコードは0で返されました。

JCL1 RC=0
JCL2 RC=8
JCL3 RC=0

12.0:
複数のJCLがあった場合に、その中の検証結果のリターンコードの一番大きいものがバッチのCA JCLCheckのコンディションコードとなっています。
例)以下のケースの場合は、CA JCLCheckのコンディションコードは8で返されました。

JCL1 RC=0
JCL2 RC=8
JCL3 RC=0

特にCA JCLCheckのオプションは変更しておりませんが、何故このような結果になるのでしょうか。

この事象はCA JCLCheckの JOBSEV オプションが 11.0 と 12.0 の間でデフォルト値が変更されている理由によるものです。
11.0 の初期バージョンでは、"NOJOBSEV"がデフォルトでした。
12.0 では、JOBSEVがデフォルトとして変更されています。

このデフォルト値の変更は 11.0 のPTF:RO21192によって行われています。

オプションの内容について
NOJOBSEV:一番最後に検証されたCA JCLCheckのリターンコードを返します。
JOBSEV :検証されたCA JCLCheckの中で一番高いリターンコードを返します。